航空航天和国防、汽车、工业自动化和机械等行业的控制工程师可使用Control System Tuner应用程序调节设置了增益、PID控制器或低阶滤波器等可调节元素的固定架构 MIMO控制系统的参数。工程师可以指定参考跟踪、扰动抑制和稳定裕度等设计要求，并自动调节控制系统的增益以满足这些要求。
Control System Toolbox同时还引入了一个用于计算和比较降阶模型的全新应用程序。Model Reducer 应用程序有助于用户以交互方式简化线性时不变模型，同时保留了对应用程序而言至关重要的模型动态。工程师可以使用Model Reducer应用程序删除能量贡献率低的状态，选择重要模式并删除近极点/零点对。
R2016a还包含经过重新设计的Control System Designer应用程序。现在，工程师可以将波特图、根轨迹图和闭环阶跃响应图等图形合并到一个窗口中并比较多个控制器的设计。
MathWorks设计自动化部门的总监Paul Barnard说道：“Control System Toolbox的功能越来越强大而且更方便用于R2016a版本当中。” “全新的Control System Tuner应用程序可在几秒内自动调节复杂的多变量控制器，即便是经验丰富的工程师通常也要花费数天甚至几周的时间来完成这一任务。而且，经过重新设计的全新应用程序对初学者也大有益处，他们现在可以使用该应用程序设计复杂的控制器，简化复杂的模型，而无需编写复杂的脚本。”